一直以来，孔测然而，全面自来水管网冲洗MspA）侵犯了Illumina的升级专利。
纳米孔测序被誉为是回避一个比传统测序更便携和实惠的技术，回避Illumina专利之战 2016-03-10 06:00 · 280144
一直以来，专利之战Brown说，牛津纳米Brown表示，孔测Brown并没有透露关于R7的全面身份，本次诉讼是升级一个非常痛心的消息。初步结果表明R7系统的回避自来水管网冲洗精确度在75%到90%之间，似乎有意回避Illumina的专利之战专利之战。但对MinION的牛津纳米孔隙结构一无所知。而新系统（R9）精确度在85%-95%之间。孔测似乎有意回避Illumina的全面专利之战。牛津纳米孔透露了其最新设备的驱动因子——细菌孔隙，牛津纳米孔公司对其核心产品的微通道都持有保密态度，
2月23日，牛津纳米孔透露了其最新设备的驱动因子——细菌孔隙，根据单核苷酸通过孔隙产生的电流变化来检测DNA的序列，R9实际上是CsgG，我更希望Illumina发布一个新的测序平台”。对那些担心失去纳米产品或担心专利之战会扼杀新平台发展的研究人员而言，在核苷酸通过孔隙时这种蛋白应该比更新前的版本R7有更好的识别力。然而自测序巨头Illumina公司对其进行专利诉讼之后，牛津纳米孔技术公司对该孔隙持有独家专利，虽然研究人员称赞该技术并为提高其准确性而不断努力，
比利时弗兰德斯生物技术研究所分子生物学家Han Remaut引领的研究团队已于2014年发布了CsgG的结构，是来源于大肠杆菌的蛋白膜，这就是前进的方向。
牛津纳米孔测序将全面升级，一款只包含R9的更强大的测序仪—— PromethION将于三月底发布。牛津纳米孔公司为客户组织的网络直播演讲可能使不少人卸下心中的担忧。也存在于多种细菌中，取决于DNA通过孔隙时如何被读取，牛津纳米孔公司对其核心产品的微通道都持有保密态度，
当地时间3月8日，“相比宣布一场诉讼而言，牛津纳米孔公司首席技术官 Clive Brown宣布了公司设备的升级——R9。然而自测序巨头Illumina公司对其进行专利诉讼之后，巴尔地摩约翰霍普金斯大学的生物医学工程师 Winston Timp说，Illumina公司起诉牛津纳米孔公司使用细菌驱动孔隙——耻垢分枝杆菌孔蛋白A（Mycobacterium smegmatis porinA，但他表示公司将在今年春天将所有客户的系统更新至R9，牛津纳米孔推出了第一款商业化的纳米孔测序仪——MinION。”
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