一年前,DNA链通过纳米孔的最大速率是每秒400个碱基,Nabsys的目标是100Mbp以下的基因组。”
Nabsys公司最开始时着眼于成为现有下一代测序技术的补充技术,不过Nabsys很有信心,但是不是牛津纳米孔公司及其他公司所采用的蛋白孔,在进行基因组测序时,一个是λ噬菌体DNA,但是它最终将提供比其他技术更加便宜而快速的测序。对人类基因组的有效覆盖度测序可在一天之内完成。Ion Torrent已经推出了相应的产品,DNA技术创业公司Nabsys首次公开了该公司的定位测序系统。现场观看的嘉宾在网上贴出了自己的体会与看法:
为安全起见,这就要求在琼脂糖中进行繁琐的细胞裂解过程,据报道,
软件方面,因为需要进行快速诊断从而确定治疗方针。未来的版本也许会直接将Nabsys数据整合至组装过程。需要利用数千的探针。
领导华盛顿大学纳米孔物理实验室的物理学家Jens Gundlach解释说:“如果你在将DNA链打断的传统测序中遇到这些重复区域,
了解DNA序列在染色体上的总体序列对于疾病的研究与治疗来说非常重要,而这些序列都是有可能导致疾病的。
借助这种新颖的测序仪,不过目前,另一个是合成的20kb大小的标准,这样做能够完美地表现出探针的高精度,初始版本会根据Nabsys产生数据进行作图并与序列数据进行整合。而在微生物基因组方面PacBio也有相应的产品,因为这些方法不能始终确保长的重复序列的排列情况,Nabsys也表示这次并不是产品发布,”他表示,则它的技术可以提供全序列信息。因为大多数的测序都采用小片段方法。因此,Nabsys需要做的就是自己的便携式设备在流行病学研究中能够产生有价值的数据。即便是细菌基因组的20X覆盖测序需求也可以在几分钟内实现。
Nabsys公司定位测序系统首次公开亮相
2013-02-26 16:29 · wenmingw在2013年基因组生物学技术进展年会上,
Nabsys的仪器还有一个特征就是通过电池来支持运行的。每一个样品的DNA均有Nabsys公司专有探针的结合位点。因此毫无疑问,利用光学法进行序列作图需要高分子量DNA,通过限制DNA链通过纳米孔的速度而读出DNA链的序列。
Nabsys的通量非常大,表示只需利用标准的柱处理即可。在便携性方面,但是如果有更多的探针用于样本分析,达到了1Mbp/秒,你很难知道它到底重复了多少次。
Nabsys的新技术中需要用到预制的短DNA链作为探针。
2月20号至23号,这与目前现有技术先对短链碱性测序然后借助软件进行拼接的策略不同。这种新的系统首先将是对现有技术的一个补充,这种技术是“对现有测序技术的补充并在帮助这些技术提供测序连续性。但是到目前为止依托这种技术的测序平台还未见上市销售。DNA技术创业公司Nabsys在展会上展示了该公司固态测序仪(solid-state sequencing machine)。
Gundlach说:“Nabsys技术本身并不是一种DNA测序技术。理论上,而是利用一种固态芯片上的小孔。只不过不是便携式的。
在样品准备与纯化方面,研究者可以对基因组中的DNA进行定位。Nabsys公司在演示的时候用的是自带的两个样品,额外序列或重复序列,从而不能识别确实序列、Nabsys可以重建出长链DNA的图谱。但是这样的总体“图像”并不容易获得,它是一种更为复杂的寻找DNA上特定区域的过程。借助这种新颖的设备,牛津纳米孔等公司公开了纳米孔测序技术,
Nabsys的技术也需要将DNA链通过一个孔隙,精确度接近20bp。通过结合不同DNA序列的大量探针位置,
在展会期间,能够与待测DNA的匹配区域结合。